Unità di Ricerca di Genomica e Bioinformatica

Responsabile: Prof. Stefano Campanaro, PA, Dipartimento di Biologia

Composizione del GRE:

  • Stefano Campanaro, PA
  • Roberta Provvedi, PA
  • Laura Treu, RTDb
  • Guido Zampieri RTDa
  • Alessandro Vezzi, RU

 

Aree di ricerca di afferenza:

  • Conversione dell’energia solare
  • Mobilità e Biocarburanti


Attività:
L'Unità di Ricerca di Genomica e Bioinformatica utilizza la biologia molecolare e l'ecologia microbica per lo studio dei meccanismi molecolari coinvolti nel ciclo del carbonio, nella produzione di bioenergia, bioplastiche e nella cattura di anidride carbonica. Esplora le potenzialità biotecnologiche di numerosi microrganismi, contribuendo allo sviluppo di nuovi approcci bioinformatici dalla metagenomica alla metatrascrittomica.  L'Unità di Ricerca utilizza modelli metabolici per studiare i gli scambi trofici dei microbiomi ambientali e associati all'ospite uomo per svelare le dinamiche di popolazione. I progetti principali mirano a ottimizzare processi biotecnologici mediati da microrganismi sviluppando nuovi strumenti per integrare la metagenomica con modelli e analisi di flussi metabolici

 
 
Elenco delle ultime cinque pubblicazioni
  1. Centurion, V. B., Rossi, A., Orellana, E., Ghiotto, G., Kakuk, B., Morlino, M. S., Arianna, B., Zampieri, G., Treu, L., Campanaro, S. A unified compendium of prokaryotic and viral genomes from over 300 anaerobic digestion microbiomes. 2024 Environmental Microbiome
  2. Zampieri G., Angione C., Palù M., Campanaro S., Treu L. Metatranscriptomics-guided genome-scale metabolic modelling of microbial communities. 2023 Cell Reports Methods
  3. Rossi A., Morlino M.S., Gaspari M., Basile A., Kougias P.G., Treu L., Campanaro S. Analysis of the anaerobic digestion metagenome under environmental stresses stimulating prophage induction. 2022 Microbiome
  4. De Bernardini N., Basile A., Zampieri G., Kovalovszki A., De Diego Diaz B., Offer E., Wongfaed N., Angelidaki I., Kougias P.G., Campanaro S., Treu L. Integrating metagenomic binning with flux balance analysis to unravel syntrophies in anaerobic CO2 methanation. 2022 Microbiome 
  5. Giangeri G., Morlino M.S., De Bernardini N., Ji M., Bosaro M., Pirillo V., Antoniali P., Molla G., Raga R., Treu L., Campanaro S. Preliminary investigation of microorganisms potentially involved in microplastics degradation using an integrated metagenomics and biochemical approach. 2022 Science of the Total Environment 

 

Contatti:
Dipartimento di Biologia, Via U.Bassi 58/ B 0498276306  0498276281 laura.treu@unipd.it

  Unità di Ricerca di Genomica e Bioinformatica

 


L'Unità di Ricerca di Genomica e Bioinformatica tratta argomenti che vanno dalla digestione anaerobica, al cibo fermentato e al microbioma dell'intestino umano tramite tecniche di biologia molecolare e di bioinformatica per studiare i genomi, l'evoluzione e l'ecologia delle popolazioni microbiche. I laboratori dell'Unità di Ricerca includono sia spazi dedicati al lavoro pratico di biologia "wet" (biologia molecolare, biochimica e microbiologia) sia spazi adibiti prettamente alle analisi computazionali (bioinformatica).